У Вас какая-то непонятная ситуация. Хотя почему непонятная? Для меня вполне понятная и мне кажется, что Вы неправильно описываете происходящее.

"Мне сказали, что свидетельства не выдаются и регистрация состоялась."

Кто сказал? Свидетельство не выдают, но право регистрируют и выдают выписку о том, что право зарегистрировано (ЕГРН). Я почти уверен, что Вы получили договор передачи и заявление с отказом мамы в ДГИ и на этом успокоились и НЕ отправили документы в Росреестр. Почему? Потому, что - "Мне сказали, что свидетельства не выдаются и регистрация состоялась." ))

"Ошибку в реестре, по заявлению, я исправил, но регистрировать мою квартиру заново по документам 2009 года не хотят, ......."

Это Вам кажется, что была ошибка, что Вы её исправили или хочется так представить собственную халатность. Никакой ошибки нет и слово "ЗАНОВО" здесь совсем не уместно, ибо Вы элементарно ничего не сделали для того, чтобы сейчас сделать заново. Просто решили с большим опозданием сделать то, что должны были сделать тогда. Нашим людям всегда свойственно искать виноватых в собственных ошибках. Отсюда и такие предложения про чьи-то ошибки, про "мне сказали, что свидетельство не выдают" и так далее, а сам ничего не сделал, чтобы свидетельство (егрн) всё же получить на руки.

Сейчас ситуация выглядит так: есть документы основания, но по ним нет зарегистрированного права. Попробовали исправить, но Вам отказали в регистрации права, ибо ситуация немного изменилась. В Де-юре муниципальном жилье зарегистрированы иные лица, тем более дети. Росреестр не хочет и не может дать правовую оценку происходящему, не хочет брать ответственность за действие, которое требует дополнительной проверки, т.к. много времени прошло, а фактор несовершеннолетних детей их и вовсе загоняет в тупик и наводит дикий ужас и страх. Чтобы приватизировать в единоличную собственность нужно удовлетворить требование Росреестра или обращаться в Суд. Вполне возможно, что будет принято соответствующее решение на основании предоставленных документов (заявление, договор передачи, оплаченная госпошлина). Для положительного для Вас решения есть все основания, но не берусь оценить шансы, т.к. не знаю с каким настроением судья подойдёт к фактору зарегистрированных несовершеннолетних детей.

"Адвокат говорит, что пока письменного отказа нет, в суд не подать. Какой то замкнутый круг" - адвокат ваш тоже, видимо, своеобразный товарищ... пишете в администрацию. просите ответить на почтовый адрес и продублировать на электронную почту. ловите регистрационный входящий номер в администрации (дать его они обязаны). после этого 30 дней, в соответствии с 59 фз, ждете ответа. если не получаете его в срок (с учетом прогона почты) - пишете повторно. нет второго ответа - в суд с этими двумя запросами. уж адвокат-то не может этого не знать.

До 2013 года договор начинал действовать только с момента его регистрации. Вы в 2009 договор приватизации не зарегистрировали. А следовательно приватизация не прошла. И теперь будете приватизировать только вместе с детьми в обязательном порядке. И продавать уже не только с согласия их матери, но и с разрешения опеки.
И в 2009 вам не могли сказать, что свидетельства о праве собственности не выдают. Тогда ещё выдавали. Перестали выдавать только в 2016

"но регистрировать мою квартиру заново по документам 2009 года не хотят" - это только через суд решить можно. на мой взгляд, перспективы решения вопроса в вашу пользу достаточно неплохие. но это вам надо консультироваться с адвокатом, а не с риэлторами. как грамотно составить исковое, и тому подобные детали

Добрый день!

Конечно, действия администрации правомерны. Чиновники никогда не будут брать на себя дополнительную ответственность, в ситуации когда можно отказать. А отсутствие отказа от приватизации зарегистрированных лиц - это достаточное основание для отказа.

Если ваш вопрос и имеет решение, то только через суд. Поэтому вам следует обращаться к юристам и изучать дальнейшие судебные перспективы. Это - риэлторский форум.